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经劳动部门批准，特定岗位员工实行综合计算工时工作制和不定时工作制（统称为特殊工时制）的，在计发加班工资时需要考虑特殊工时制的特殊情况，法律也作了一些有别于标准工时制的特别规定。
1.实行综合计算工时工作制的加班工资支付。
①超时部分视为延长工作时间，统一按照150%的标准支付加班工资。工资支付暂行规定第十三条规定，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按150%的标准支付劳动者延长工作时间的工资。
②法定休假日劳动的按照300%的标准支付加班工资，其他超时部分按照150%的标准支付加班工资。江苏省工资支付条例第二十二条、广东省工资支付条例第二十二条、深圳市员工工资支付条例第十九条、均规定，经人力资源社会保障行政部门批准实行综合计算工时工作制的，劳动者在综合计算周期内总的工作时间超过总法定工作时间的部分，视为延长工作时间，用人单位应当依照150%的标准支付劳动者加点工资。劳动者在法定休假日劳动的，用人单位应当依照300%的标准支付劳动者加班工资。北京市工资支付规定第十六条规定，用人单位经批准实行综合计算工时工作制的，在综合计算工时周期内，用人单位应当按照劳动者实际工作时间计算其工资；劳动者总实际工作时间超过总标准工作时间的部分，视为延长工作时间，应当按照150%的标准支付加班工资；安排劳动者在法定休假日工作的，应当按照300%的标准支付加班工资。
2.实行不定时工作制的加班工资支付。
①实行不定时工作制的，不适用劳动法关于加班的规定。工资支付暂行规定第十三条规定，实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定（加班工资支付的规定）。江苏省工资支付条例第二十五条、广东省工资支付条例第二十三条、北京市工资支付规定第十七条均规定，经人力资源社会保障行政部门批准实行不定时工作制的，不执行加班工资支付的规定。
②实行不定时工作制的，在法定休假日工作的，应当按照300%的标准支付加班工资。深圳市员工工资支付条例第二十条、上海市企业工资支付办法第十三条均规定，用人单位安排实行不定时工作制的员工在法定休假节日工作的，按照不低于员工本人正常工作时间工资的百分之三百支付员工加班工资。
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