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1、法律地位不同
（1）子公司是独立的法人，具有法人资格，拥有独立的公司名称、公司章程以及组织机构，并且对外以自己的名义从事生产经营活动。
（2）分公司不具有法人资格，没有独立的公司名称、公司章程以及组织机构，以总公司分支机构的名义从事生产经营活动。
2、受控制方式不同
（1）一般母公司对子公司不直接控制，而是通过任免子公司的董事会成员、作出投资决策/决定等方式达到影响子公司的生产经营活动目的。
（2）分公司的人事、业务、财产受总公司的直接控制，在总公司的经营范围之内从事生产经营活动。
3、营业执照不同
（1）子公司领取的是企业法人营业执照，有法定代表人姓名等字样，经营范围可以自行选择。
（2）分公司领取的是营业执照，只有负责人的字样，而且经营范围不能超过总公司的经营范围。
4、产品包装标注不同
（1）子公司在产品外包装上必须标注自己的名称和住所。
（2）分公司可以标注自己的名称、住所，也可以同时标注总公司的名称、住所，还可以只标注总公司的名称、住所。
5、税款缴纳不同
（1）子公司应当按月（或季）预缴企业所得税、年底进行汇算清缴，都是单独计税，在注册地缴纳税款。
（2）分公司，应当和总公司汇总，计算缴纳企业所得税。
1、子公司的处理
子公司是作为独立法人，实行独立核算并独立申报纳税，是完全独立的纳税人，承担全面的纳税义务。
2、分公司的处理
分公司作为分支机构的一种，适用总分机构的相关政策。
总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。
（1）企业所得税方面
对于分公司的企业所得税管理：符合规定条件的汇总纳税的分公司，实行“就地预缴、汇总清算”；无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，又无法证明分支机构的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税；分公司实行独立核算、不汇总纳税的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税。
对于列名企业的下属二级分支机构均应按照企业所得税的有关规定向当地主管税务机关报送企业所得税预缴申报表或其他相关资料，但其税款由总机构统一汇总计算后向总机构所在地主管税务机关缴纳。
（2）增值税方面
分公司（属于分支机构的组成部分，为便于与文件对接，以下统称分支机构）销售货物、提供加工修理修配劳务的增值税的纳税地点
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情况下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
1、设立子公司的优势
（1）子公司属于独立的法人，只负有有限的债务责任;
（2）子公司向母公司报告企业成果只限于生产经营活动方面;
（3）子公司是独立法人，其所得税计征独立进行。子公司可享受东道国给其居民公司提供的包括免税期在内的税收优惠待遇;
（4）东道国运用税率低于居住国时，子公司的累积利润可得到递延纳税的好处;
（5）许多国家对子公司向母公司支付的股息规定减征或免征预提税。
2、设立分公司的优势
（1）分公司一般便于经营，财务会计制度的要求也比较简单;
（2）分公司承担成本费用可能要比子公司节省;
（3）分公司不是独立法人，就流转税在所在地缴纳，利润由总公司合并纳税。在经营初期，分公司往往出现亏损，但其亏损可以冲抵总公司的利润，减轻税收负担;
（4）分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
先注销分公司，再成立子公司。
1、注销分公司程序
（1）到分公司所在工商局领取《分公司注销登记申请书》。
（2）准备注销登记的相关材料：
申请书 经办人身份证 公司决议 营业执照 银行清户证明 完税证明 分公司公章注：具体以当地工商局要求为准
（3）提交资料和申请书，工商局核准后进行分公司撤销备案。
2、成立子公司程序
（1）到工商局领取设立企业的相关表格并进行填写，如《企业设立登记申请书》《企业设立登记申请表》等；
（2）携带法人身份证、经办人身份证和分公司名称填写《名称预先核准申请书》，审批通过后拿到《企业名称预先核准通知书》；
（3）准备好注册资料，递交分公司所在地的工商局进行注册申请。等领取到营业执照后30日办理组织机构代码证和税务登记证。注册资料一般包括总公司拨款证明、任命文件、总公司章程、公司拨付给分公司使用的资金数额证明文件等，以当地工商局要求为准。
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