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1、核定的范围不同。定期定额征收核定的范围是经主管税务机关认定和县以上税务机关批准的生产、经营规模小，达不到《个体工商户建账管理暂行办法》规定设置账簿标准的个体工商户的税收征收管理。另外，个人独资企业税收定额管理比照执行。核定征收核定的范围是《税收征管法》第三十五条规定的应当设置但未设置账簿的或者虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的等情况。其中有个体工商户、小规模企业、企事业单位等。
2、核定的时间等前提条件不同。定期定额核定是在纳税申报之前，是一种预先的核定，一种事先的推定，是对将来可能发生的纳税事实的推定，而不是对已经发生的纳税事实的推定，也可以说是事先确定一个缴纳标准，有关纳税人须根据这个标准按照实际经营情况进行申报。核定征收是当纳税人违反了申报义务，或者记账、保存凭证等其他协助义务时，税务机关进行税收核定，按规定在其申报之后，以申报为参考进行核定，是对已经发生的纳税事实的推定，是为了确认已经发生的纳税义务，对将来可能的税收没有确认作用。
3、核定的程序不同。定期定额征收核定的程序包括自行申报、核定定额、定额公示、上级核准、下达定额、公布定额等六个必要环节。核定征收核定的程序比较简单，一般情况下要经过自行申报、核定定额、上级核准、下达定额等几个环节，没有定期定额征收核定的程序复杂。
4、核定定额的固定性不同。定期定额确定之后一段时间之内保持不变，如果纳税人营业额偏离了定额的一定比例就进行调整，纳税人缴纳税款并不是完全按照定额缴纳，是按不低于定额的标准进行缴纳。核定征收的定额是定量，一旦纳税人营业额发生了变化，核定征收税额就必须发生变化，纳税人缴纳税款要按照核定的税额缴纳，一般只有税务机关核定税额被纳税人有依据指正错误才进行调整。
5、核定后的申报征收方式不同。定期定额户在申报方面有一些优惠政策，一是可以实行简易申报，即定期定额户，应当在税务机关规定的期限内按照法律、行政法规规定缴清应纳税款，当期可以不办理申报手续。二是可以简并征期，即将几个征收期进行合并为一个征收期，对那些经营地点偏远、缴纳税款数额较小的定期定额户，税务机关可以按照法律、行政法规的规定简并征期。核定征收的申报是建立在纳税人已经申报而申报不实、到期未申报、通知申报而不申报等基础上的，不享受这些优惠。
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