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公司增值税怎么计算取决于公司是一般纳税人还是小规模纳税人。同时境外的单位或个人在境内提供应税劳务，在境内未设有经营机构的，其应纳税款以境内代理人为扣缴义务人，会采取扣缴计税方法。这3类计税方法适用对象如下。
类型
适用范围
应纳税额
一般计税方法
一般纳税人
当期应纳增值税=当期销项税额-（当期进项税额-进项税额转出+上期留抵税额-免、抵、退应退税额减免税款）-应纳税额减征额
简易计税方法
①小规模纳税人、
②一般纳税人特定销售项目
当期应纳增值税=当期不含税销售额×征收率（同时考虑减免税优惠政策）
扣缴计税方法
境外单位或个人在境内提供应税劳务，在境内未设有经营机构
应扣缴增值税=接受方支付的价款÷（1+税率）×税率
一般纳税人由于会计核算比较健全，采取了增值税专用发票抵扣制度，计税方法叫作一般计税方法，这种方法的特点就是计算更复杂，对数据来源要求更细致。同时对于一些特殊项目也可以采取简易计税办法（如不动产的出租），因此税额计算是2种方法计算的合计数，同时考虑税款减免和减征情况。而对于小规模纳税人，只采取简易计税方法，这种方法就是计算简单，重点是对于销售额的确定，同样也要考虑税款减免和减征情况。
对于一般计税方法和简易计税方法同时要注意的第一个细节是1销售额的确定。销售额包括了增值税专用发票（小规模纳税人也可以自行开具，但是收到专用发票时不能抵扣）、其他发票、不开票收入和视同销售计算得出的销售额，而不仅仅只是开票收入2含税销售额的换算情况①价税合计金额②商业企业零售价③普通发票上注明的销售额④价外费用视为含税收入⑤逾期包装物押金，这些都是含税销售额，要进行换算。 换算公式：不含税销售额=含税销售额÷（1+税率/征收率）。3对于营业税改征增值税的纳税人，服务、不动产和无形资产有扣除项目的，计算税额时要注意进行扣除。不含税销售额确定了，对于一般纳税人就确定了销项税额，对于小规模纳税人几乎就确定了本期税额。
对于一般计税方法和简易计税方法都要注意的第二个细节是减免税，减免税包括减税和免税 。减税包含税额式减征（如金税盘税额抵减）、税率式减征（如之前小规模3%征收率减按1%）。免税指的是免征增值税（如小规模纳税人对于3%征收率免征增值税政策）。
对于一般计税方法中的进项税额，通常包括认证相符的增值税专用发票税额和其他扣税凭证（如农产品收购发票或者销售发票）。增值税专用发票的认证最好在月初抄税之后报税之前完成网上认证，同时要注意对于刚变成一般纳税人在辅导期内这个情况（有些刚变成一般纳税人的企业并不存在辅导期），第一个月取得的专用发票进项可以认证但当期不能进行抵扣，要放到次月才允许抵扣。
对于一般计税方法中的进项税额转出是一个特殊事项（比如发生一些非正常损失，或者收到增值税进项发票错误开了红字等）。
对于一般计税方法中的上期留抵税额数据来自上期期末留抵税额。免、抵、退税是指出口销售环节增值部分免税，进项税额准予退税的部分从内销货物的应纳税额中抵扣，不足抵扣的部分实行退税。
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